Разница между сборкой развертывания и зависимостями модуля J2EE в Eclipse

При использовании Eclipse 3.7 Indigo для разработчиков Java EE есть нечто, называемое Deployment Assembly. Я смог найти в гугле и понял, что это похоже на Зависимости модуля J2EE, где мы могли выбрать банку, которая идет и находится в папке EAR или в WEB-INF/lib в случае WAR. Теперь у меня есть сомнения:

У меня есть JavaProject Dependencies. Я добавил все зависимые банки через переменную classpath.Теперь проект Dependenciesдобавлен в качестве зависимости к моему веб-проекту TestWebProject. Компиляция веб-проекта выполнена правильно, но во время выполнения я получаю сообщение об ошибке, потому что какой-то jar не найден. Я мог бы исправить эту включаемую банку в Deployment Assembly проекта Dependencies, который является автономным проектом.

Вопрос в том, почему мне пришлось исправлять jar в сборке развертывания, поскольку, во-первых, это автономный проект, а во-вторых, если бы у меня не было этой сборки развертывания, как это можно исправить?