Согласно документации, и Region, и Pane будут изменять размер любых дочерних узлов с изменяемым размером до их предпочтительного размера, но не будут изменять их положение.
Поэтому я не вижу, где остаются различия между этими двумя контейнерами и когда использовать тот или иной.