Почему после копирования репозитория git в другой каталог у меня изменились файлы?

У меня есть свой личный небольшой репозиторий git на моем ноутбуке. Я только что зафиксировал изменения и проверил, что мне нечего зафиксировать -каждый подготовленный и измененный файл был зафиксирован.

После этого я скопировал все файлы из этого репозитория в другое место и бум! У меня есть незафиксированные изменения.

Я считаю, что мне не хватает некоторых фундаментальных правил git. Может ли кто-нибудь предложить мне на это?