Если вам нужен столбец auto_increment в нулевом заполненном формате, я предлагаю вам отображать его как таковой, а не пытаться сохранить его в базе данных таким образом.
В PHP вы можете использовать следующие код для отображения или иного использования идентификатора:
$padded_id = str_pad($id, 4, '0');