Принять / отклонить сигналы диалога не зацепились

Когда новый элемент установлен в Loader, предыдущий элемент удаляется из памяти, в вашем случае вы делаете это, когда окно закрыто, но принятый или отклоненный сигнал выдается после закрытия окна.

Возможное решение заключается в создании сигнала, который выдается после приема сообщения.

MsgDialog.qml

import QtQuick 2.9

MsgDialogForm {
    signal finished()
    x: (parent.width - width) / 2
    y: (parent.height - height) / 2
    width: Math.min(applicationWindow.width, applicationWindow.height) / 5 * 4

    onAccepted: {
        console.log("Ok clicked; save answer")
        finished()
    }
    onRejected: {
        console.log("Cancel clicked; don't save")
        finished()
    }
}

main.qml

...
Connections {
    target: dlgLoader.item
    onFinished: dlgLoader.source = ""
}