Использование потока git с поддеревом git

Я только что перенес большой репозиторий svn в git и начал использовать gitflow. Это сработало как шарм, но теперь я думаю о том, чтобы разделить это большое репо на несколько меньших.

Предположим, что дерево каталогов репо выглядит следующим образом:

/repo
  - libs
  - apps
    -- app 1
    -- app 2

И мы хотим разделить его на три репозитория: один с основной структурой (libs и каталогами приложений ), а два других с каталогами приложений.

Если я использую поддерево git для разделения таким образом, смогу ли я использовать поток git индивидуально в каждой части или мне придется использовать его глобально?

PS :Это мой первый вопрос в stackoverflow, будьте добры:)