Если вы на 100% уверены, что у вас есть только один тайник (сделайте git stash list
равным 107%), вы можете сделать
git stash clear
и забыть о них (он удаляет все stashes).
Примечание: добавлен этот ответ для тех, кто оказался здесь, ищет способ очистить их всех (как и я).