Проблема существует уже много лет, потому что для eclipse или java нет переносимого способа обнаружения символических ссылок.
Теперь символические ссылки очень и очень полезны, поэтому, независимо от причины невозможности переноса, можно ли с помощью плагина eclipse исправить это, и Egit не будет считать символические ссылки и все, что под ним, новыми файлами?