Взгляните на другие предложенные ответы, поскольку они кажутся более легкими для выполнения того, что вам нужно.
Однако, если вам действительно нужно реализовать подачу команды с Java для вашего назначения в лаборатории, вы можете взять посмотрите библиотеку JSch (Java Secure Channel), найденную здесь: http://www.jcraft.com/jsch/ Примеры приведены здесь http://www.jcraft.com/jsch/ Примеры /
С его помощью вы можете отправлять команды ssh и выполнять любые операции с помощью API Java