Я предпочитаю, чтобы первая версия запускала Java-приложение только потому, что у него меньше ловушек («добро пожаловать в адский путь к классу»). Второй требует исполняемого файла jar, и путь класса для этого приложения должен быть определен внутри манифестной баночки (все остальные объявления classpath будут молча игнорироваться ...). Таким образом, со второй версией вам нужно будет заглянуть в банку, прочитать манифест и попытаться выяснить, действительны ли записи классаpath, откуда хранится банка ... Этого можно избежать.
Не ожидайте каких-либо преимуществ или недостатков производительности для любой версии. Это просто говорит jvm, какой класс использовать для основного потока и где он может найти библиотеки.