Как удалить отсутствующие значения при выполнении теста Exisher Fisher во всех столбцах кадра данных
Для всех y'all на MacOS ... установите простой LaunchAgent , чтобы включить эти гламурные возможности в вашей собственной копии Chrome ...
Сохраните plist, названный любым (например, launch.chrome.dev.mode.plist) в ~/Library/LaunchAgents с похожим контентом, чтобы ...
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE plist PUBLIC "-//Apple//DTD PLIST 1.0//EN" "http://www.apple.com/DTDs/PropertyList-1.0.dtd">
<plist version="1.0">
<dict>
<key>Label</key>
<string>launch.chrome.dev.mode</string>
<key>ProgramArguments</key>
<array>
<string>/Applications/Google Chrome.app/Contents/MacOS/Google Chrome</string>
<string>-allow-file-access-from-files</string>
</array>
<key>RunAtLoad</key>
<true/>
</dict>
</plist>
Он должен запускаться при запуске , но вы можете заставить его сделать это в любое время с помощью команды терминала
launchctl load -w ~/Library/LaunchAgents/launch.chrome.dev.mode.plist
TADA!
1 ответ
Вы не предоставили данные, которые воспроизводят указанную вами ошибку в вашем сообщении, поэтому трудно точно узнать, что не так в вашем примере.
Функция fisher.test автоматически игнорирует пропуски, которые у вас есть в ваших данных, и не производит неправильных значений p (и вы не упоминаете пример, где это неправильно, и в каком смысле это неправильно ). См. Здесь
> fisher.test(c(NA, 1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2), c(1, 1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2))
Fisher's Exact Test for Count Data
data: c(NA, 1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2) and c(1, 1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2)
p-value = 0.02857
alternative hypothesis: true odds ratio is not equal to 1
95 percent confidence interval:
1.339059 Inf
sample estimates:
odds ratio
Inf
. Тот же анализ с удалением первой пары удаленных дает тот же результат, что и при включении пропусков.
> fisher.test(c(1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2), c(1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2))
Fisher's Exact Test for Count Data
data: c(1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2) and c(1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2)
p-value = 0.02857
alternative hypothesis: true odds ratio is not equal to 1
95 percent confidence interval:
1.339059 Inf
sample estimates:
odds ratio
Inf
Однако у вас может возникнуть проблема с эта строка
lapply (df, fisher.test, na.omit(df), y=df$AH)
, поскольку na.omit(df) будет передана в качестве третьего аргумента в fisher.test, который является рабочим пространством. Этого должно быть достаточно с вашим начальным вызовом, хотя вы можете столкнуться с проблемами, если у вас нет двух категорий для каждой независимой переменной.