, помещенный в root \ CMakeList.txt:
project(root)
include_directories(${root_SOURCE_DIR}/include)
...
, вы можете использовать root_SOURCE_DIR везде в подпроектах.
для получения дополнительной информации рассмотрите возможность посещения http: // www.cmake.org/Wiki/CMake_Useful_Variables#Variables_not_listed_here