Изменить один цвет сетки в ggplot2?

Поскольку ggplot слои рисуются в порядке их получения, вы можете нарисовать geom_hline ниже пунктирного (такого же размера, как линии сетки или больше), сделать его таким же цветом, как фоновая заливка, и это заблокирует линию сетки.

В простом случае вы знаете цвет фона (в данном случае он белый):

library(ggplot2)
ggplot(data = NULL) +
  geom_hline(yintercept = 0, size = 2, color = "white") +
  geom_hline(yintercept = 0, linetype = 4, size = 2) +
  theme_minimal() +
  theme(panel.grid = element_line(size = 2))

Чтобы сделать его более динамичным и соответствовать с темами, заполните фон сюжета темы и установите его в качестве цвета:

ggplot(data = NULL) +
  geom_hline(yintercept = 0, size = 2, 
             color = theme_dark()$panel.background$fill) +
  geom_hline(yintercept = 0, linetype = 4, size = 2) +
  theme_dark() +
  theme(panel.grid = element_line(size = 2))