Matplotlib делает цветную карту не прозрачной

Некоторые хитрости помогут. Здесь я сначала нанесу все маркеры на белый, а затем снова нарисую сверху, используя нужный цвет.

import matplotlib
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D

# make-up some data
goal_x = list(range(10))
goal_y = list(range(10))
goal_z = list(range(10))
epoch_arr = np.linspace(0,1,10)

fig = plt.figure(figsize=(8,8))
ax3D = fig.add_subplot(111, projection='3d')
ax3D.set_facecolor('xkcd:salmon')

# First plot: all markers are in white color
ax3D.scatter(goal_x, goal_y, goal_z, s=500, c='w', marker='o', alpha=1.0, zorder=10)

colormap = plt.get_cmap("binary")
norm = matplotlib.colors.Normalize(vmin=min(epoch_arr), vmax=max(epoch_arr))
#ax3D.scatter(goal_x, goal_y, goal_z, s=100, c=colormap(norm(epoch_arr.values)), marker='o')

# Second plot: use intended colormap
ax3D.scatter(goal_x, goal_y, goal_z, s=500, c='b', marker='o', zorder=11)

plt.show()

Результирующий сюжет: