Если вы используете NotificationServiceExtension, вы можете обновить значок в этом.
var bestAttemptContent : UNMutableNotificationContent? //
bestAttemptContent.badge = 0//any no you wanna display
Каждый раз, когда ваше приложение получает уведомление, будет вызываться расширение вашей службы. Сохраните это значение по умолчанию пользователя и отобразите его. Чтобы разделить пользовательские значения по умолчанию между приложением и расширением, вам необходимо включить группу приложений в приложении. Подробнее здесь