Начиная с iOS 10 вы можете разработать расширение службы уведомлений для своего приложения. Он будет запущен системой, когда вы получите уведомление, и вы можете рассчитать действительный номер для значка и установить его.
Взгляните на документацию: https://developer.apple .com / документация / usernotifications / unnotificationserviceextension