После устранения конфликтов git все еще жалуется?

Таким образом, после открытия каждого файла с конфликтом, его исправления, а затем фиксации исправленных файлов...

Проблема в том, что вы не должны фиксировать исправления. Если a.txt имеет конфликт слияния, тогда ваш журнал оболочки должен выглядеть так:

$ vim a.txt # fix conflict
$ git add a.txt
$ # no commit between add and rebase!
$ git rebase --continue

Вызов git rebase --continue позаботится о самой фиксации.

Я не знаю, как «вернуться» к состоянию до вашего коммита, когда вы находитесь в процессе перебазирования. git reset --hard HEAD, вероятно, справится с задачей, но лично я чувствовал бы себя безопаснее, просто перейдя прямо к git rebase --abort и начав сначала, не фиксируя посередине.