Если вы только что добавили подмодуль, и, например, вы просто добавили неправильный субмодуль или добавили его в неправильное место, просто сделайте git stash
, затем удалите папку. Это предполагает, что добавление подмодуля - единственное, что вы сделали в недавнем репо.