Вы можете использовать свою исходную папку, поэтому всякий раз, когда вы создаете, эти файлы автоматически копируются в каталог классов.
Вместо использования файла свойств используйте файл XML.
Если данные слишком малы, вы даже можете использовать web.xml для доступа к свойствам.
Обратите внимание, что для любого из этих подходов потребуется перезапуск сервера приложений, чтобы изменения отражались.