Для чего бы то ни было, в ggplot2 версии 2.2.1 порядок стека больше не определяется порядком строк в data.frame. Вместо этого он соответствует порядку легенды, определяемому порядком уровней в факторе.

d <- data.frame(
  y=c(0.1, 0.2, 0.7),
  cat = factor(c('No', 'Yes', 'NA'), levels = c('NA', 'Yes', 'No')))

# Original order
p1 <- ggplot(d, aes(x=1, y=y, fill=cat)) +
  geom_bar(stat='identity')

# Change order of rows
p2 <- ggplot(d[c(2, 3, 1), ], aes(x=1, y=y, fill=cat)) +
  geom_bar(stat='identity')

# Change order of levels
d$cat2 <- relevel(d$cat, 'Yes')
p3 <- ggplot(d, aes(x=1, y=y, fill=cat2)) +
  geom_bar(stat='identity') 

grid.arrange(p1, p2, p3, ncol=3)

Это приводит к приведенному ниже графику:

Используйте эстетику group в вызове ggplot(). Это гарантирует, что все слои уложены одинаково.

series <- data.frame(
  time = c(rep(1, 4),rep(2, 4), rep(3, 4), rep(4, 4)),
  type = rep(c('a', 'b', 'c', 'd'), 4),
  value = rpois(16, 10)
)

ggplot(series, aes(time, value, group = type)) +
  geom_col(aes(fill = type)) +
  geom_text(aes(label = type), position = "stack")

У меня точно такая же проблема сегодня. Вы можете получить blue сверху, используя order=-as.numeric():

ggplot(ts, 
aes(z, x, fill=factor(y, levels=c("blue","white")), order=-as.numeric(y))) + 
geom_bar(stat = "identity")

У меня была похожая проблема, и я обошел ее, изменив уровень фактора. думал, что поделюсь кодом:

library(reshape2)
library(ggplot2)

group <- c(
  "1",
  "2-4",
  "5-9",
  "10-14",
  "15-19",
  "20-24",
  "25-29",
  "30-34",
  "35-39",
  "40-44",
  "45-49"
)

xx <- factor(group, levels(factor(group))[c(1, 4, 11, 2, 3, 5:10)])

method.1 <- c(36, 14, 8, 8, 18, 1, 46, 30, 62, 34, 34)
method.2 <- c(21, 37, 45, 42, 68, 41, 16, 81, 51, 62, 14)
method.3 <- c(37, 46, 18, 9, 16, 79, 46, 45, 70, 42, 28)  
elisa.neg <- c(12, 17, 18, 6, 19, 14, 13, 13, 7, 4, 1)  
elisa.eq <- c(3, 6, 3, 14, 1, 4, 11, 13, 5, 3, 2)

test  <- data.frame(person = xx, 
                    "Mixture Model" = method.1,
                    "Censoring" = method.3,
                    "ELISA neg" = elisa.neg,
                    "ELISA eqiv" = elisa.eq) 

melted <- melt(test, "person")
melted$cat <- ifelse(melted$variable == "Mixture.Model", "1",
                     ifelse(melted$variable == "Censoring", "2", "3"))

melted$variable = factor(melted$variable, levels = levels(melted$variable)[c(1, 2, 4,3 )]) ## This did the trick of changing the order

ggplot(melted, aes(x = cat, y = value, fill = variable)) + 
  geom_bar(stat = 'identity') + facet_wrap(~ person) +
  theme(axis.ticks.x=element_blank(),
        axis.text.x=element_blank()) + 
  labs(title = "My Title",
       y = "Per cent", x = "Age Group", fill = "")

(извините, это мои данные, я не воспроизводил с использованием данных из исходного поста, надеюсь, все в порядке!)

Питание с Вашими данными, чтобы заставить график выглядеть хорошим, походит на плохую идею. Вот альтернатива, которая работает на меня при использовании position_fill():

ggplot(data, aes(x, fill = fill)) + geom_bar(position = position_fill(reverse = TRUE)) 

reverse = TRUE аргумент инвертирует порядок сложенных панелей. Это работает в position_stack также.