Как добавить массив int в сообщение protobuf

Результатом round является float, поэтому смотрите (пример из Python 2.6):

>>> round(1.923328437452, 3)
1.923
>>> round(1.23456, 3)
1.2350000000000001

Вам будет лучше при использовании форматированной строки:

>>> "%.3f" % 1.923328437452
'1.923'
>>> "%.3f" % 1.23456
'1.235'