Взгляните на эту классную статью, я думаю, это именно то, что вам нужно:
http://www.piwai.info/chatheads-basics
Вкратце: вы хотите добавить это разрешение в свой манифест:
<uses-permission android:name="android.permission.SYSTEM_ALERT_WINDOW" />
Для api> = 23 вам необходимо запросить разрешение во время выполнения Settings.ACTION_MANAGE_OVERLAY_PERMISSION
Затем в сервисе получите диспетчер окон
windowManager = (WindowManager) getSystemService(WINDOW_SERVICE);
и добавьте свои представления с помощью метода addView