Как правильно выходить из потока?

Пожалуйста, попробуйте простой код следующим образом:

from matplotlib import pyplot as plt
plt.figure(figsize=(1,1))
x = [1,2,3]
plt.plot(x, x)
plt.show()

Перед тем, как вы нарисуете, вам нужно установить размер фигуры.