Где поместить logback.xml в Tomcat?

Я думаю, что самое лучшее, что вы можете сделать, это включить специальные настройки проекта для отображения предупреждений.

Окно -> Настройки -> Java -> Компилятор -> Ошибки / предупреждения

В верхней части формы находится ссылка для настройки конкретных параметров проекта.