Может ли IntelliJ IDEA инкапсулировать все функциональные возможности WebStorm и PHPStorm через плагины?

Краткая версия с использованием команды "rename".

find my_root_dir -depth -exec rename 's/(.*)\/([^\/]*)/$1\/\L$2/' {} \;

Это позволяет избежать проблем с переименованием каталогов перед файлами и попыткой перемещения файлов в несуществующие каталоги (например, "A/A" в "a/a" ).

Или более подробная версия без использования "rename".

for SRC in `find my_root_dir -depth`
do
    DST=`dirname "${SRC}"`/`basename "${SRC}" | tr '[A-Z]' '[a-z]'`
    if [ "${SRC}" != "${DST}" ]
    then
        [ ! -e "${DST}" ] && mv -T "${SRC}" "${DST}" || echo "${SRC} was not renamed"
    fi
done

P. S.

Последний позволяет большую гибкость с командой перемещения (например, "svn mv").