Я рекомендую использовать snakefood для создания графических графиков зависимостей проектов Python. Он обнаруживает зависимости достаточно хорошо, чтобы сразу увидеть области для рефакторизации. Его использование довольно просто, если вы читаете немного документации.
Конечно, вы можете опустить шаг создания графа и получить вместо него словарь зависимостей в файле.