У меня редко бывают проекты в Eclipse, которые не находятся под контролем источника, поэтому все, что мне нужно сделать, это проверить проект в новом месте.
Если у вас нет системы управления версиями, Eclipse довольно хорошо работает с CVS из коробки, и довольно просто настроить CVS для работы локально без сервера: http://www.tortoisecvs.org/ faq.html # cvsinit