git status показывает измененные файлы, но git diff не
Просто изменив utf8mb4 на utf8 при создании таблиц, решила мою проблему. Например: CREATE TABLE ... DEFAULT CHARSET=utf8mb4 COLLATE=utf8mb4_unicode_ci; - CREATE TABLE ... DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_unicode_ci;.