Могу ли я удалить коммит git, но сохранить изменения

Разница - читаемость и ремонтопригодность. SELECT * FROM a JOIN b ON a.ID = b.ID передает ваше точное намерение, все в одном месте.

Я не буду говорить окончательно, так как я не получил под капотом последнего оптимизатора запросов, но я уверен, смотря на тривиальную разницу в производительности, если таковая имеется.