Это то, что сработало для меня в каждой версии datePicker, сначала преобразовывая дату во внутренний формат datePicker, а затем преобразовывая ее обратно в желаемую
var date = "2017-11-07";
date = $.datepicker.formatDate("dd.mm.yy", $.datepicker.parseDate('yy-mm-dd', date));
// 07.11.2017