Фильтрация строк базы данных с помощью spring-data-jpa и spring-mvc

Вы все равно можете использовать оператор $ positional для выполнения этого. Но вам нужно указать objectid родительского документа вместе с фильтром _arrayid. Следующий запрос командной строки работает отлично

db.so.update({_id:ObjectId("4e719eb07f1d878c5cf7333c"),
              "array._arrayId":ObjectId("dsd87dsa9d87s9d7")},
              {$set:{"array.$.someField":"updated"}})