Может ли Eclipse использовать тот же SDK, что и Android Studio (intelliJ)?

Becase setTimeout для всех ссылок вызывается сразу. Если вы хотите задержать между вызовами, вам нужно сделать что-то вроде этого:

 var delay = 2000;
 $('a[href]').each(function(){
    var linkk = $(this)
    var linkkhref = linkk.attr('href');

    window.setTimeout(function(){ conectar('HEAD', linkkhref, resp) }, delay);
    delay += 2000;
    ....