Как я могу указать расширения уценки pandoc, используя блок YAML?

Эта ошибка довольно многословна:

ValueError: could not convert string to float: id

Где-то в вашем текстовом файле строка имеет в ней слово id, которое не может быть действительно преобразовано на номер.

Ваш тестовый код работает, потому что слово id отсутствует в line 2.

Если вы хотите поймать эту строку, попробуйте это код. Я очистил ваш код вверх:

#!/usr/bin/python

import os, sys
from scipy import stats
import numpy as np

for index, line in enumerate(open('data2.txt', 'r').readlines()):
    w = line.split(' ')
    l1 = w[1:8]
    l2 = w[8:15]

    try:
        list1 = map(float, l1)
        list2 = map(float, l2)
    except ValueError:
        print 'Line {i} is corrupt!'.format(i = index)'
        break

    result = stats.ttest_ind(list1, list2)
    print result[1]