Visual Studio отлично работает с Rcpp. Проводил годами. Я не согласен с Dirk Eddelbuettel.
Это важный факт. Например, есть очень важные библиотеки (Intels MKL, QT graphics framework), которые на самом деле не совместимы с minGW.
Я поддерживаю (исправленную и вырезанную) вилку Rcpp на github ( https://github.com/rohan-shah/Rcpp ), подходящую для компиляции с помощью Visual Studio с cmake. Я считаю, что патч - это что-то вроде пяти строк.
Отказ от ответственности: это сложно использовать, и вы должны знать, что делаете. Если вы знаете , знаете, что делаете, я сделал для вас немало работы. См. https://github.com/rohan-shah/mpMap2 для примера использования исправленного Rcpp с Visual Studio.