На всякий случай, чтобы проверить переменные, вы можете использовать
$> mysqladmin variables -u user -p
. В этом случае будут отображаться текущие переменные, в этом случае max_allowed_packet, и, как кто-то сказал в другом ответе, вы можете временно установить его с помощью
mysql> SET GLOBAL max_allowed_packet=1072731894
В моем случае файл cnf не был учтен, и я не знаю, почему, поэтому код SET GLOBAL действительно помог.