В Java 6 и далее существует API для использования компилятора. Это может быть то, что вы ищете.
http://www.javabeat.net/2007/04/the-java-6-0-compiler-api/
http://docs.oracle.com/javase/6/docs/api/javax/tools/JavaCompiler.html
Обратите внимание, что вам нужно JDK, чтобы компилятор был доступен. JRE будет недостаточно. Если это проблема, подумайте о внедрении компилятора Eclipse Java в ваше приложение.