Как создать видео h264 с альфа-каналом для использования с HTML5 Canvas?

Вы имеете в виду собственно кодирование java, а затем компиляцию в .jar? Если вы попытаетесь редактор кода eclipse

, я использовал eclipse для создания моментов minecraft. Он будет работать, если вы хотите сделать программы .jar.