Eclipse Helios не запускается

Насколько я знаю, единственная вещь, которая не поддерживает обратную совместимость, - это версия CLR, которая изменяется после .NET 4.0.

Это не так. Вы можете сделать свое скомпилированное приложение .NET2 запущенным на платформе .NET4.

Вам просто нужно добавить следующее к вашему app.config:

<configuration>
<startup>
    <supportedRuntime version="v2.0.50727"/>
    <supportedRuntime version="v4.0" sku=".NETFramework,Version=v4.0,Profile=Client"/>
    <supportedRuntime version="v4.0" sku=".NETFramework,Version=v4.0"/>
  </startup>
</configuration>

Примечание. Я согласен с @KingKronus, т. Е. Why not just pick the lowest common denominator?

В вашем случае это был бы скомпилированный .NET2 и только один набор pdbs и один набор компиляции.

Да, вам нужно будет проверить ваш. NET2-скомпилированное приложение работает нормально в .net4, но вам нужно будет протестировать ваше приложение в каждой из фреймворков в вашем исходном решении.