jQuery .wrap () не работает

Похоже, вы хотите использовать метод jQuery html для добавления html в предпоследнюю строку, если только $dropdownSections не является массивом, каждый элемент которого является объектом jQuery. Я думаю, вы могли бы после этого:

$.each(sitemapSections, function(i) {
  var $sitemapSection = $(sitemapSections[i]);
  var $primary = $sitemapSection.find('[data-level="1"]').wrap('<h3></h3>');

  $dropdownSections.eq(i).html($primary.parent().html());
});

или более написанного другим способом:

$.each(sitemapSections, function(i) {
  $dropdownSections.eq(i).html(
    $(sitemapSections[i])
    .find('[data-level="1"]')
    .wrap('<h3></h3>')
    .parent()
    .html()
  );
});

если $dropdownSections является массивом, в каждом элементе которого есть объект jQuery:

$.each(sitemapSections, function(i) {
  $dropdownSections[i].html(
    $(sitemapSections[i])
    .find('[data-level="1"]')
    .wrap('<h3></h3>')
    .parent()
    .html()
  );
});

Вам нужна строка для передачи в .html(), я думаю, вместо этого вы после этого:

 $dropdownSections[i].empty().append($primary.parent());

Это получает .parent() (поскольку вы только что завернули его в один) и устанавливает содержимое в соответствии с этим.