@kcpr - Спасибо за предоставленные решения. Ниже я работал для меня.
private static String CONFIG_FILE_LOCATION = "lib"+ File.separator + "Config.properties";
static {
File jarFile = new File(Main.class.getProtectionDomain().getCodeSource().getLocation().toURI().getPath());
String inputFilePath = jarFile.getParent() + File.separator + CONFIG_FILE_LOCATION;
propConfig = new PropertiesConfiguration(new File(inputFilePath));
propConfig.load();
}