Почему мои файлы продолжают исчезать из навигатора проекта xcode?

Вы используете текстовую привязку. Например, регулярное выражение a{10,} будет соответствовать 10 или более символам a. a{10,20} будет соответствовать не менее 10 и не более 20 a s.