Причина?

Итераторы, возвращенные ArrayList в природе fail-fast.

Итераторы, возвращаемые итератором этого класса, и listIterator fail-fas t: если список структурно модифицируется в любое время после создания итератора, любым способом, кроме как через собственные методы удаления или добавления итератора, итератор будет бросать ConcurrentModificationException. Таким образом, перед лицом одновременной модификации итератор быстро и чисто, а не рискует произвольным, недетерминированным поведением в неопределенное время в будущем.

Где этот итератор приходит из в то время как я его не использую?

Для расширенного цикла для коллекций Iterator используется, поэтому вы не можете вызывать метод add во время повтора.

Итак, ваш цикл то же, что и ниже

for (Iterator<Entry> i = c.iterator(); i.hasNext(); ){   

Что такое решение? Тогда?

Вы можете вызвать iterator.add(); и изменить цикл на основе итератора явно, а не неявно.

    String inputWord = "john";
    ArrayList<String> wordlist = new ArrayList<String>();
    wordlist.add("rambo");
    wordlist.add("john");
    for (ListIterator<String> iterator = wordlist.listIterator(); iterator
            .hasNext();) {
        String z = iterator.next();
        if (z.equals(inputWord)) {
            iterator.add("3");
        }
    }
    System.out.println(wordlist.size());

Теперь, где я могу узнать больше?

1. Для каждой петли
2. ArrayList Java docs