Можно также аннулировать высоту строки родителя:
#wrapper {
line-height: 0;
}
Все исправления: http://jsfiddle.net/FaPFv/
Какая компоновка используется вашим JPanel? Если он использует конструктор GUI NetBeans по умолчанию бесплатного дизайна, вы не сможете вручную добавлять компоненты. Вам нужно будет установить его в какой-либо менеджер компоновки.
Части вашего gui могут иметь макет Free Design, но вам нужно будет изменить компоновку компонентов, которые вы хотите добавить вручную.