2
ответа
Доступ к скрипту snakemake для доступа к stdin / stdout
Для рабочего процесса Snakemake мне нужно манипулировать тегами во многих файлах BAM, и я хотел бы обработать их, передав их через скрипт (используя директиву Snakemake script:). Конкретным образом я ...
вопрос задан: 28 January 2019 23:52
2
ответа
Есть ли способ установить параметры для виртуальной машины Java при использовании оболочки Snakemake?
При использовании таких инструментов, как picard или fgbio, через оболочки-змейки, я постоянно сталкиваюсь с проблемами нехватки памяти. В настоящий момент я прибегаю к прямым вызовам оболочки, которые позволяют мне устанавливать память виртуальных машин.
вопрос задан: 17 January 2019 00:12
1
ответ
Создание рабочего процесса с динамическим вводом без использования устаревшего динамического API
Я хотел бы создать рабочий процесс, который загружает список некоторых файлов FASTQ с удаленного сервера, проверяет md5 и выполняет некоторую постобработку, например, выравнивая. Я понимаю, как реализовать это с помощью двух ...
вопрос задан: 18 January 2019 12:33
0
ответов
Snakemake: & ldquo; символы подстановки во входных файлах не могут быть определены из выходных файлов & rdquo;
Я использую Snakemake для выполнения некоторых правил, и у меня есть проблема с одним из них: rule filter_SJ_out: input: "pass1 / {sample} SJ.out.tab" output: "pass1 / SJ.db" shell: '' 'gawk' $ 6 == 1 || ($ 6 == 0 & amp; $ 7 & ...
вопрос задан: 22 March 2019 13:36
0
ответов
Snakemake отказывается распаковывать функцию ввода, когда правило A является зависимостью от правила B, но принимает ее, когда правило A является последним правилом.
У меня есть рабочий процесс создания змей для проекта метагеномики. В какой-то момент в рабочем процессе я сопоставляю считывания последовательности ДНК (одно- или парные) со сборками метагенома, созданными одним и тем же рабочим процессом. Я сделал ...
вопрос задан: 5 March 2019 16:45