Snakemake отказывается распаковывать функцию ввода, когда правило A является зависимостью от правила B, но принимает ее, когда правило A является последним правилом.

Создайте новый экземпляр

LeaveSummary getValuesFromDb = new LeaveSummary(); 

в вашем цикле while. Вы не создаете новый экземпляр LeaveSummary для каждой записи в вашей базе данных. Так же один и тот же объект переписывается каждый раз, когда вы зацикливаете свой набор результатов. поэтому эта последняя запись существует только в списке.