Пожертвования для [закрытых] инструментов с открытым исходным кодом

Чтобы упростить ваш код, я постарался сделать это за несколько шагов. Это сохраняет движущиеся данные несколько раз (комментарии в коде) ...

$json = json_decode($string, true);
$json2 = json_decode($string2, true);

// Create $result with an array indexed by id_question
$result = array_column($json, null, "id_question");

foreach($json2 as $key)
{
    // If question doesn't exist
    if(!isset($result[$key['id']]))
    {
        // Set values from new question
        $row=$key;
        $row["id_question"]=$key['id'];
        $row["id"]=$key['question'];
        // Remove this element as not needed in new array
        unset ( $row['question']);
        $row["answer"]=null;
        $row["pi"]=null;
        $row["ca"]=null;
        $row["pic"]=null;
        $row["new_deadline"]=null;
        $row["reason"]=null;
        $row["notes"]=null;
        $row["deadline"]=null;
        // Add to result
        $result[]=$row;
    }
    else
    {
        // Question is already present, just add in new details
        $result[$key['id']]["type"]=$key['type'];
        $result[$key['id']]["last_root"]=$key['last_root'];
        $result[$key['id']]["exist_good"]=$key['exist_good'];
        $result[$key['id']]["exist_not_good"]=$key['exist_not_good'];
        $result[$key['id']]["not_exist"]=$key['not_exist'];
        $result[$key['id']]["n_a"]=$key['n_a'];
    }
}

// Use array_values() to remove keys (the question ID) and encode result
$json=json_encode(array_values($result));
print_r($json);