Документация API предполагает, что
xml.append(xsl(etree.parse('FileB.xml')).getroot());
должны работать, т.е. вместо того, чтобы пытаться добавить все дерево результатов, вы можете просто добавить его корневые элементы.
Можно экспортировать настройки и положение окон в файл, и затем импортировать этот файл, в то время как VS работает. Для решения проблемы Вы установили VS способ, которым Вы любите его без своего внешнего монитора, затем экспортируете Ваши настройки. Затем настройте, это для Вас контролирует, и экспорт. Когда Вы присоединяете или удаляете свой монитор, просто импортируете соответствующий файл установки.
Эта статья должна продемонстрировать, где опции импорта/экспорта.