Очевидно, что у pyinstaller есть опция noarchive, которая делает именно это.
См. документацию MSDN, конкретно документацию относительно Использования Таблицы Последовательности.
Для офлайновой ссылки загрузите SDK Windows Installer 4.5 и прочитайте MSI.CHM (намного легче перейти, чем материал MSDN так или иначе),