Используйте http://browserify.org/
Вы получаете очень простые и элегантные модули commonjs и множество удивительных библиотек из node.js в вашем браузере .
Код упакован в один файл js.
Трудно изменить поведение maven по умолчанию, я думаю, что лучше пойти с этим - вы можете сгенерировать эти файлы с помощью maven wsdl2java-maven-plugin
Я видел это несколько раз. Почти во всех случаях это происходит из-за того, что сгенерированные классы добавляются в основное дерево src, а затем проверяются в системе контроля версий.