Google говорит, что SHA256 доступен PHP.
необходимо определенно использовать соль. Я рекомендовал бы использовать случайные байты (и не ограничил бы себя символами и числами). Как обычно, чем дольше Вы выбираете, тем более безопасным, медленнее это становится. 64 байта должны быть прекрасными, я предполагаю.
Я не знаю, как конкретно ответить на ваш вопрос, но я предлагаю вам использовать размер блока 1024 (или любую более высокую степень двойки). Я не знаю, как устроен HDF5, но, исходя из моих знаний файловых систем и проведенного нами грубого теста, 1024 было как раз подходящим.